تأسست شركة الخطوط الجوية الأفريقية في شهر أبريل سنة 2001، وتعود ملكيتها إلى الشركة الليبية الأفريقية القابضة للطيران، بدأت الخطوط الجوية الأفريقية الخدمة في ديسمبر من العام نفسه،

اعتمدت الشركة في البداية على طائرات من طراز بوينغ 737-400، ومع عام 2003 أصبح أسطول الشركة يعتمد على طائرات من طراز إيرباص.